儘管面臨外界要求緩徵證所稅的壓力，財政部仍決定如期開徵，除了已發布證所稅的課徵扣繳率之外，11月16日起，將啟動證所稅計稅原則選定機制，由投資人自行選擇最有利的計稅方式。
財政部表示，有意按核實制課稅者，必須把握1個月的申請期限，逾期或未申請者均將自動視為按設算制計稅，股價指數達8,500點以上才需扣繳證所稅，但無盈虧互抵及長期持有的減徵優惠。
配合證所稅明（102）年1月1日起開徵，財政部已修正並發布各類所得扣繳率標準，以供採行設算制與核實制計稅的投資人，參考其應納稅負，並由券商根據規定扣繳率，代投資人扣繳證所稅。
依據修正後的各類所得扣繳率標準，102年至103年實施設算扣繳與核實申報雙軌制，不屬於出售強制核實課稅的股票或具有非居住者身分者，都可以自行在設算扣繳或核實申報制中，擇一計稅。
設算扣繳制不必辦理結算申報，依據扣繳率標準規定，設算扣繳制的適用對象，除了中華民國居住者之外，在台灣居留逾183天的大陸人士，在台出售股票亦可適用設算扣繳制。
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